Aj tento druh diéty však môže mať svoje nevýhody. Prvou a zrejme najnepríjemnejšou z nich je zápcha. Tá je spojená s vyšším príjmom bielkovín, ktoré sa dosť dlho trávia. Kvôli tomu sa môže spomaliť vylučovanie zvyškov z organizmu, prípadne sa aj objavia problémy s nadúvaním. Preto si treba jedálniček naozaj starostlivo naplánovať.
Ďalším možným neduhom je nechcený jojo efekt – teda, že svoje nadbytočné kilá priberiete späť, alebo ich bude ešte viac. To je nevýhoda každej skončenej diéty, pokiaľ nie ste ochotný zmeniť svoje stravovacie návyky, a teda, že sa nebudete stravovať zdravo. Ďalšou nevýhodou je to, že proteínová diéta nie je určená pre všetkých. Diéta môže tiež vyvolať nárazové chute na sladké, najmä ak ste takéto potraviny pravidelne konzumovali.
Treba si tiež dávať pozor na tzv. keto chrípku, ktorá je častým nežiadúcim účinkom v začiatkoch diéty. Nízke množstvo sacharidov v tele sa prejavuje bolesťami hlavy, únavou, nespavosťou alebo návalmi hladu. Ide však iba o prechodný stav, ktorý po niekoľkých dňoch odoznie. V opačnom prípade s diétou prestaňte a poraďte sa so svojím lekárom.
Vegáni a vegetariáni majú takéto stravovanie značne obmedzené. Ale aj v tomto prípade sa dá jedálniček nastaviť tak, aby ste chudli. Bude to však o čosi zložitejšie. Avšak, existuje veľké množstvo kvalitných zdrojov bielkovín čisto rastlinného pôvodu.
Bielkovinová diéta nie je vôbec vhodná pre ľudí, ktorí trpia chronickými ochoreniami obličiek či pečene. Pri nesprávnom nastavení jedálnička totiž môže dôjsť k poškodeniu obličiek či vytvoreniu obličkových kameňov.
Nevhodná je aj pre tých, ktorí trpia ťažkosťami s trávením. Rovnako, ak dlhodobo užívate lieky, mali by ste sa s vašim lekárom poradiť o možných rizikách.